倒置生物顯微鏡是生物實驗教學中比較常用的儀器，由于它是一種精密貴重儀器，所以在日常的使用中我們一定要注意一些事項。如：不要自行拆卸各部件；鏡筒要插上目鏡或目鏡蓋，避免灰塵從鏡筒上部進入；透鏡表面不要用手指碰觸或拭擦，如有灰塵，先用柔軟毛筆輕輕拂去，再用柔軟的清潔細布拭撩，也可用擦鏡紙蘸少許二甲苯或石油醚擦拭，但注意不要在透鏡表面劃出條紋。
倒置生物顯微鏡不可與腐蝕性酸類、堿類或揮發性強的化學藥品放在一起，以免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當觀察含液體的標本時，一般都要蓋上蓋玻片；若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，應把蓋玻片的四周用石蠟或凡士林封住，然后觀察。但由于進行中藥顯微鑒定時，經常要用這一類試劑，不可能都封固，因此要特別小心，防止液體流到載物臺上，更不要沾到物鏡上。
有時在倒置生物顯微鏡的視野中發現有污點或異物，可先轉動目鏡，如果這些污點跟著旋轉，則可確定污點是在目鏡上；否則，可移動標本片，如污點跟著移動，則污點是在標本片上。如果兩者都不是，則污點是在物鏡上，可先檢查物鏡的前鏡頭，然后檢查后鏡頭。根據不同情況進行清潔處理。
使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油擦拭干凈(可用擦鏡紙蘸少許二甲苯拭擦，但注意二甲苯不能滲入鏡頭內部，否則二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片脫落)。
若機械部分不靈活，可用細綢布蘸二甲苯少許：拭去銹和油膩(不得用乙醇，因為這些溶劑會侵蝕油漆)，再用少許液體石蠟潤滑；旋扭過緊不要強行扭動，以免損壞。
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