倒置顯微鏡的結構主要分為三部分：機械部分、照明部分和光學部分。這三部分的組成與普通光學顯微鏡相同。倒置顯微鏡是一種常用的顯微鏡，屬于生物顯微鏡。主要用于觀察培養皿、培養瓶和96孔微孔板中的樣品。最常見的觀測方法是相位差法。由于該方法不需要染色，因此是觀察活細胞和微生物的理想方法。
倒置生物顯微鏡的使用方法：
(1)與雙筒顯微鏡類似，但因為它的特殊用法，還要注意一些常見的問題，如在使用倒置顯微鏡觀察時可以通過調節鉸鏈式雙目目鏡方便使用者使用時更舒適。
(2)當在使用過程中，因為載物臺和物鏡相對位置的變化，組織培養液或水會很容易灑到顯微鏡上，此時為了防止顯微鏡的損壞要立刻切斷電源，擦去組織液或水，對于載物臺、物鏡等敏感場所要特別注意。
(3)對于光源的控制也要注意，轉動光強調節鈕時切忌小心，不可太過，以防損壞。使用完畢后一定要將物鏡置于載物臺下方，保持清潔。這一步可以通過轉動三孔轉換器實現。
倒置生物顯微鏡的應用：
用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程，并可將此過程中的任一形態拍攝下來。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。
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